Index

B

bp (primertool.primertool.PrimerPair attribute)

C

calculate_targets() (in module primertool.functions) check_chromosome() (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerGenerator static method) check_exon() (primertool.primertool.ExonPrimerGenerator method) check_genome_assembly() (primertool.primertool.PrimerGenerator static method) check_insert_size() (primertool.primertool.PrimerGenerator method) check_mutation() (primertool.primertool.VariantPrimerGenerator method) check_nm_number() (primertool.primertool.ExonPrimerGenerator method) (primertool.primertool.GenePrimerGenerator method) check_variant() (primertool.primertool.VariantPrimerGenerator static method)

chromosome (primertool.primertool.ExonPrimerGenerator attribute) (primertool.primertool.ExonPrimerPair attribute) (primertool.primertool.GenePrimerGenerator attribute) (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerGenerator attribute) (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerPair attribute) (primertool.primertool.PrimerGenerator attribute) (primertool.primertool.PrimerPair attribute) correct_intronic_variant() (in module primertool.functions) create_db() (in module ucsc_download_script) CustomFormatter (class in primertool.logger)

D

design_primer() (primertool.primertool.PrimerGenerator method)

dist_exon_borders (primertool.primertool.PrimerGenerator attribute)

E

end (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerGenerator attribute) (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerPair attribute) exon_number (primertool.primertool.ExonPrimerGenerator attribute) (primertool.primertool.ExonPrimerPair attribute)

ExonPrimerGenerator (class in primertool.primertool) ExonPrimerPair (class in primertool.primertool)

F

fasta_pcr (primertool.insilicopcr.InSilicoPCR attribute) fetch_db_table() (in module local_sql) (in module ucsc_download_script) fetch_genome() (primertool.primertool.PrimerGenerator method) filter_unique_primers() (in module primertool.functions)

find_sequence_positions() (in module primertool.functions) fmt (primertool.logger.CustomFormatter attribute) format() (primertool.logger.CustomFormatter method) FORMATS (primertool.logger.CustomFormatter attribute) forward_primer (primertool.insilicopcr.InSilicoPCR attribute)

G

gene_info (primertool.primertool.ExonPrimerGenerator attribute) (primertool.primertool.ExonPrimerPair attribute) (primertool.primertool.GenePrimerGenerator attribute) gene_name (primertool.primertool.ExonPrimerPair attribute) GenePrimerGenerator (class in primertool.primertool) genome (primertool.primertool.PrimerGenerator attribute) genome_assembly (primertool.primertool.PrimerGenerator attribute) genome_dir (primertool.primertool.PrimerGenerator attribute)

GenomicPositionPrimerGenerator (class in primertool.primertool) GenomicPositionPrimerPair (class in primertool.primertool) get_exon_boundaries() (primertool.primertool.ExonPrimerGenerator method) get_gene_information() (in module primertool.functions) get_order_primers() (primertool.primertool.ExonPrimerPair method) (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerPair method) get_ordertable() (primertool.primertool.ExonPrimerGenerator method) (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerGenerator method) get_snps() (in module primertool.functions)

I

init_logger() (in module primertool.logger) InSilicoPCR (class in primertool.insilicopcr) InSilicoPCRError (class in primertool.exceptions)

InSilicoPCRRequestError (class in primertool.exceptions) is_uniquely_binding() (primertool.insilicopcr.InSilicoPCR method) iterate_positions() (primertool.primertool.PrimerGenerator method)

K

kuerzel (primertool.primertool.PrimerGenerator attribute)

L

local_sql module

M

make_order_table() (primertool.primertool.ExonPrimerPair method) (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerPair method) mask_snps() (in module primertool.functions) max_insert (primertool.primertool.PrimerGenerator attribute) min_insert (primertool.primertool.PrimerGenerator attribute) module local_sql primertool primertool.exceptions primertool.functions primertool.insilicopcr primertool.logger primertool.primertool primertool.ucsc_database primertool.unittest streamlit ucsc_download_script

mt (primertool.primertool.PrimerPair attribute) mutalyzer_error_handler() (in module primertool.functions)

N

nm_number (primertool.primertool.ExonPrimerGenerator attribute) (primertool.primertool.ExonPrimerPair attribute) (primertool.primertool.GenePrimerGenerator attribute) (primertool.primertool.VariantPrimerGenerator attribute)

O

orderprimer_forwards (primertool.primertool.ExonPrimerPair attribute) (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerPair attribute) (primertool.primertool.PrimerPair attribute) orderprimer_reverse (primertool.primertool.ExonPrimerPair attribute) (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerPair attribute) (primertool.primertool.PrimerPair attribute)

ordertable (primertool.primertool.ExonPrimerGenerator attribute) (primertool.primertool.ExonPrimerPair attribute) (primertool.primertool.GenePrimerGenerator attribute) (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerGenerator attribute) (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerPair attribute) (primertool.primertool.PrimerPair attribute) (primertool.primertool.VariantPrimerGenerator attribute)

P

parse_mutation() (in module primertool.functions) primer_forwards (primertool.primertool.ExonPrimerPair attribute) (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerPair attribute) (primertool.primertool.PrimerPair attribute) primer_info (primertool.primertool.PrimerPair attribute) primer_reverse (primertool.primertool.ExonPrimerPair attribute) (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerPair attribute) (primertool.primertool.PrimerPair attribute) PrimerGenerator (class in primertool.primertool) PrimerPair (class in primertool.primertool) primertool module primertool.exceptions module primertool.functions module primertool.insilicopcr module

primertool.logger module primertool.primertool module primertool.ucsc_database module primertool.unittest module PrimertoolError PrimertoolExonLengthError PrimertoolGenomeError PrimertoolInputError PrimertoolIntronicPositionError PrimertoolMutalyzerError PrimertoolNoPrimerFoundError PrimertoolTest (class in primertool.unittest) purge_primer_pair() (in module primertool.functions)

Q

query() (in module primertool.ucsc_database)

R

reduce_numbers_in_string() (in module primertool.functions)

remove_whitespaces() (in module primertool.functions) reverse_primer (primertool.insilicopcr.InSilicoPCR attribute)

S

split_nm() (in module primertool.functions) start (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerGenerator attribute) (primertool.primertool.GenomicPositionPrimerPair attribute)

strand (primertool.primertool.ExonPrimerPair attribute) streamlit module

T

test_get_gene_information() (primertool.unittest.PrimertoolTest method)

test_query_ucsc_database() (primertool.unittest.PrimertoolTest method)

U

ucsc_download_script module

V

variant (primertool.primertool.VariantPrimerGenerator attribute)

variant_pos (primertool.primertool.ExonPrimerGenerator attribute) VariantPrimerGenerator (class in primertool.primertool)